El cambio climático unido a la deforestación humana son algunos de los efectos que están amenazando a las plantas en España, así lo confirma el Listado de Especies en Régimen de Protección Especial (LESPE) reúne 351 taxones distintos de plantas amenazadas en España, de las cuales 130 se encuentran en peligro de extinción. 

Estos números aumentan sensiblemente si se consulta la Lista Roja nacional de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), donde aparecen 1.456 taxones, 1.814 de los cuales representan a la flora vascular y el resto, a los briófitos o plantas terrestres no vasculares, como los musgos. 

Según este documento, son 304 las plantas vasculares y 46 los briófitos que se encuentran en peligro crítico de extinción, mientras que ya han desaparecido en estado silvestre 4 plantas vasculares y 12 briófitas se han extinguido a nivel regional. 

En estos listados, se incluyen tanto especies como subespecies, y sobresalen algunos nombres emblemáticos, como el drago de Gran Canaria (Dracaena tamaranae), del que solo existen 13 ejemplares adultos, o el pinsapo (Abies Pinsapo), abeto endémico de las sierras andaluzas, cuyas poblaciones están decreciendo. 

La UICN destaca, entre los peligros más notables para la flora: la deforestación, la sobreexplotación de recursos naturales y el cambio climático. 

Algunas especies sufren amenazas específicas, como la zamárraga (Erigeron frigidus), una flor de color rosáceo que crece en las laderas de Sierra Nevada y de la que únicamente sobreviven dos poblaciones, y cuyo mayor riesgo radica en la sobreabundancia de herbívoros salvajes como la cabra montés -que incluye a esta flor en su dieta- o el comportamiento incívico de los turistas, que acostumbran a arrancarla para llevársela como recuerdo. 

El archipiélago canario y el balear, además de Sierra Nevada o los Pirineos, son algunos de los refugios más frecuentes para la flora amenazada en España y de hecho estas zonas de España cuentan con una notable cifra de endemismos.